Um ein mechanisches Problem ausschließen zu können, könnte man den/die Y-Stepper einfach mal abmontieren und hin- und her-fahren lassen. Wenn sie dann auch "stottern" liegt es wohl an der Elektronik oder dem/den Steppern selbst. ( Da du ja nicht schreibst, welche Software du nutzt: WinPC möchte ja immer erst eine Referenzfahrt machen, da einfach den Y-Endstop von Hand betätigen. )
Wenn es nicht die Elektronik ... was wir glaube ich hier schon hatten war auch ne verbogene Spindel. Musst du mal die Y-Spindeln ausbauen und auf dem Tisch hin- und her-rollen. Wenn dabei eine eiert, dann ist das ein Fall für den Umtausch.
SC 420 mit DIY parallel + Proxxon mit Mod + SprintLayout + LibreCAD/QCAD + FreeCAD +WinPC starter/USB->EstlCAM/Arduino + DIY Shield + DIY Vakuumtisch
Gruß, Andreas